Anthropic afirma que Claude ayudó a obtener la primera estructura 3D de una partícula vault bacteriana

Anthropic anunció el 4 de noviembre que su equipo de investigación en biología, trabajando con Claude, determinó la primera estructura tridimensional de una partícula vault procedente de organismos procariotas. Las vaults son grandes cápsulas de proteína con forma de barril que Leonard Rome y Nancy Kedersha describieron por primera vez en 1986, y cuya función nunca se ha confirmado. La sección de noticias de la revista Science también informó sobre el trabajo, presentándolo como una investigación que agranda el misterio de estas partículas en lugar de resolverlo.

Qué encontró el equipo

Hasta ahora, la estructura de las vaults solo se conocía en eucariotas como los mamíferos, donde la cápsula está hecha de 78 copias de una proteína principal. El equipo de Anthropic buscó parientes lejanos en bacterias y en bacteriófagos, los virus que infectan bacterias. De 15 proteínas candidatas probadas en el laboratorio, siete se ensamblaron en partículas similares a vaults y se confirmaron cuatro estructuras mediante criomicroscopía electrónica: dos bacterianas y dos de fagos.

El resultado más detallado corresponde a L05, una proteína de fago que forma una partícula de 96 copias, 48 por mitad. Según las cifras difundidas, mide unos 54 por 45 nanómetros y pesa cerca de 9,5 megadaltons. Aunque es más corta que la vault de mamífero, encierra aproximadamente un cuarto más de volumen. Al duplicar dos segmentos de su pared, los investigadores obtuvieron una cápsula aún mayor.

Qué hizo Claude y en qué falló

Anthropic explica que Claude rastreó unos 15.000 millones de secuencias de proteínas predichas y halló parientes de las vaults en 29 grupos de bacterias y cuatro de arqueas. Diseñó secuencias de ADN para expresar las candidatas en E. coli, propuso un método de purificación por cromatografía que redujo un paso de unos tres días a cerca de 90 minutos y ejecutó el software de procesamiento de criomicroscopía. Interesting Engineering señala que el primer modelo estructural completo llevó 34 horas, frente a las varias semanas estimadas con un análisis convencional. El trabajo de laboratorio lo hicieron científicos, y Rome asesoró el proyecto como consultor remunerado.

La empresa también enumeró errores. Un protocolo escrito por Claude incluía un aditivo en el medio de cultivo que bloqueaba la entrada de ADN, lo que costó unas dos semanas, y Claude omitió un paso estándar de procesamiento, generando un mapa defectuoso. Los investigadores detectaron ambos problemas y reforzaron la supervisión.

Preguntas abiertas

La estructura no aclara para qué sirven las vaults. Anthropic envió un informe técnico a bioRxiv, pero en el momento de la publicación el preprint no estaba disponible, el trabajo no había pasado revisión por pares y las estructuras y los datos asociados aún no se habían publicado.